前身は、１９４０年にチェコスロバキアのドイツ系住民によって創立されたプラハ・ドイツ・フィルハーモニー管弦楽団である。同楽団は、ヴィルヘルム・フルトヴェングラーの推薦でヨーゼフ・カイルベルトを首席指揮者に迎えて活動していた。ドイツの第２次大戦敗戦後の１９４５年、チェコからバイエルン州の古都バンベルクへ逃れたプラハ・ドイツ・フィルハーモニーの元メンバーやカールスバードやシュレジアからの音楽家たちが集結して本楽団を創立した。１９４６年３月１６日、「バンベルク・トーンキュンストラー管弦楽団」として第１回演奏会が開いたが、同年６月１日、「バンベルク交響楽団」に改称した。

１９４７年、ハンス・クナッパーツブッシュが客演し、１９４８年にはオーストリア、１９４９年にはパリに演奏旅行を行う。１９４９年、ヨゼフ・カイルベルトを首席指揮者に迎えた。１９６８年、カイルベルトが急逝した後、オイゲン・ヨッフムが芸術顧問を務めた。１９７３年、イシュトヴァン・ケルテスの首席指揮者就任が決定されたが、ケルテスは就任前に急逝してしまい、しばらく首席指揮者不在だったが、２０００年首席指揮者にジョナサン・ノットを迎え、将来を見据えたオーケストラが彼の手に委ねられた。

現在ドイツで最も多忙なオーケストラであり、年間約１２０回の演奏会をバンベルクはもとよりドイツ各地や外国で開き、ラジオ・テレビ放送やCD録音も盛んに行っている。